Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - UFMG - Contato
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Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - UFMG
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ICB - UFMG
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Oferta do semestre atual

2º semestre de 2017

Disciplina/Prof(s)
Código/
Turma
CR/CH
Nat/
Nível
Horário e
Período
Local/sala
Algoritmos para Bioinformática II
Prof: Marcos Augusto dos Santos
DCC 907 - 01
04/60
OP
M/D
A combinar com o Prof. Marcos
A combinar com o Prof Marcos

Ementa: Algorítmos para manipulação de cadeias, sequências e árvores com aplicações em Biologia Molecular. Aplicações da Teoria dos Grafos e Otimização. Ferramentas para bioinformática Bibliografia Setúbal, J., Meidanis, J. INTRODUCTION TO COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY, PWS Publishing Co., 1977 Gusfield, D., ALGORITHMS ON STRINGS, TREES AND SEQUENCES: COMPUTER SCIENCE AND COMPUTATIONAL BIOLOGY

Ambientes de Computação
Prof: Raquel Cardoso de Melo Minardi
DCC 909 - 01
04/60
OP
M/D
Seg: 14:55 às 16:35
Qua: 14:55 às 16:35

Início 02/08/2017
ICEx sala 2073

Ementa: Introdução à computação. Ambientes de programação. Redes de Computadores. Banco de dados. Ambientes unix. Ambientes de alto desempenho. Bibliografia Variável inculindo textos e artigos abordando o tema computação e programação.

Bioinformática Estrutural
Prof: Elio Anthony Cino, Lucas Bleicher, Rafaela Salgado Ferreira

Obs: Pré-requisito: ter cursado na graduação ou pós disciplinas de Bioquímica e Programação.
ICB837 - 01
04/60
OP
M/D
Qua: 10:00 às 11:40
Qui: 08:00 às 09:40

Data de início: 02/08/2017 - Data de Término: 23/11/2017
Quarta-feira ICB F2/254 CAD

Ementa: Estruturas de Proteínas/Enzimas; Noções básicas de cristalografia; Métodos de Validação e extração de dados biológicos a partir de estruturas; Construções e análises de modelos cristalográficos a partir de mapas de densidade eletrônico; Base de dados biológicas; Representações gráficas de proteínas; Campos de força; Docagem e triagem virtual de bases de dados; Métodos para predição de estruturas e dinâmica molecular; Alinhamentos e sobreposição estrutural de proteínas; Análise de Superfície e cavidades em estruturas de proteínas; Cálculo de contatos; e Modelagem e análise de grafos em estruturas proteicas.

Estudos de Genoma, Trasncriptoma e Proteoma
Prof: Glória Regina Franco

Obs: Pré-requisito: Introdução a Bioquímica
ICB838 - 01
04/60
OB
M/D
Ter: 14:00 às 16:00
Qui: 14:00 às 16:00

Início 08/08/2017 término: 07/12/2017
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: Estudos do genoma: a estrutura dos genomas eucariotos e procariotos, os polimorfismos de DNA e métodos para sua detecção, a produção de marcadores físicos e genéticos, sequenciamento de genomas inteiros, a análise de genomas completos utilizando ferramentas de bioinformática, comparação de genomas, metagenômica, filogenia, origem das doenças genéticas e testes genéticos, terapia genética, desrupção e super-expressão gênica. Estudos do transcriptoma: o controle transcricional e pós transcricional da expressão gênica, construção de bibliotecas de cDNA, o estudo do transcriptoma por RNA-Seq, metodologias de detecção de transcritos, estudo da expressão diferencial de transcritos, a bioinformática no estudo do transcritoma e anotação gênica, os RNAs não codificadores, RNA interferência. Estudos do proteoma: o controle traducional e pós-traducional da expressão gênica, obtenção de mapas pepetídicos, metodologias de sequenciamento de proteínas, comparação do proteoma de células e a expressão diferencial de proteínas, redes de interação proteína-proteína, biologia sintética e biologia de sistemas. Bibliografia: Biologia Molecular Básica, Zaha A et al., 5ª Edição, Editora Artmed, Biologia Molecular do Gene, Watson JD et al., 7ª Edição, Editora Artmed e Artigos de revisão atuais publicados em periódicos como Nature, Science, Trends e outros

Probabilidade e Estatística para Bioinformática
Prof: Glaura da Conceição Franco, Marco Antônio da Cunha Santos
EST 869 - 01
04/60
OB
M/D
Seg: 13:30 às 15:10
Qua: 13:30 às 15:10

Início 07/08/2017 término 20/11/2017
ICEx sala 2024

Ementa: O papel da Estatística nas áreas médica e biológica; Estatística descritiva e análise exploratória de dados; Introdução à probabilidade e sua aplicação na qualidade de testes diagnósticos; Modelos probabilísticos. Modelo binomial e modelo normal; Construção de faixas de referência; Noções básicas sobre inferência estatística: teste de hipóteses e intervalo de confiança; Comparação de dois grupos: inferência sobre duas médias e sobre duas proporções; Análise de variância; Estudo de associação de duas variáveis categóricas; Estudo de associação de duas variáveis quantitativas; Aplicações de regressão logística e de Cox. Bibliografia Campbell, M. J., Machin, D. (1993) Medical Statistics - A Commonsense Approach. 2 ed. New York: John Wiley. Glantz, S. A. (1992) Primer of Biostatistics. 3 ed. New York: Mcgraw-Hill. Hassard, T. H. (1991) Understanding Biostatistics. St.Louis: Mosby Yeas Book. Nogueira, M. L. G., Nunes, L. L. C., Pinto, D., Ribeiro, A. J. F., Silva, C. Q., Siqueira, A. L. (1995) Introdução à Bioestatística. Belo Horizonte: Departamento de Estatística/ UFMG. Soares, J. F., Siqueira, A. L. (2001) Introdução à Estatística Médica. Editora UFMG

Seminários em Bioinformática I
Prof: José Miguel Ortega
BIQ 858 - 01
01/15
OB
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

Início 04/08/2017
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários ministrados por alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, sobre pesquisas na área da Bioinformática.

Seminários em Bioinformática II
Prof: José Miguel Ortega
DCC 908 - 01
01/15
OB
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

Início 04/08/2017
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários ministrados por alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, sobre pesquisas na área da Bioinformática.

Seminários em Bioinformática III
Prof: José Miguel Ortega
ICB831 - 01
01/15
OP
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

Início 04/08/2017
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários de alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, na área de Bioinformática.

Seminários em Bioinformática IV
Prof: José Miguel Ortega
ICB832 - 01
01/15
OP
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

Início 04/08/2017
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários ministrados por alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, sobre pesquisas na área da Bioinformática.

Tópicos em Bioinformática I - Estudo computacional de mutações: de doenças hereditárias à resistência a fármacos
Prof: Douglas Eduardo Valente Pires

Obs: Nos dias 04,06 e 11/09/2017 as aulas serão realizadas J2/221 e nos dias 05 e 11/09/2017 serão no bloco F2/254
BIQ 855 - 01
01/15
OP
M/D
Seg: 08:00 às 11:00
Ter: 08:00 às 11:00
Qua: 08:00 às 11:00

04 a 06/09/17 - 11 e 12/09/17
---

Ementa: A disciplina terá por objetivos apresentar e discutir as principais abordagens atuais no estudo de mutações não-sinônimas em proteínas, com foco em metodologias computacionais (tanto baseadas em sequências quanto em estruturas), bem como seus diversos cenários de aplicação. Estre esses, contemplaremos desde o estudo de doenças hereditárias (doenças raras como a Alcaptonúria e a Síndrome de von Hippel-Lindau), mutações em câncer, surgimento de resistência a medicamentos, até sua utilização em aplicações de potencial biotecnológico envolvendo engenharia proteica. A disciplina também terá um caráter prático e os alunos serão incentivados a desenvolverem projetos ao longo do semestre envolvendo a utilização das principais ferramentas disponíveis na literatura, bem como apresentarem artigos relacionados ao tema em formato de seminário.

Tópicos em Bioinformática II - Introdução a programação em Python
Prof: Carlos Alberto Xavier Gonçalves
BIQ 856 - 01
02/30
OP
M/D
Sex: 10:00 às 11:40

Data de Início: 04/08/20107 Data de témino: 09/11/2017
Sala de Informática do ICB

Ementa: Noções básicas de lógica de programação e construção de algoritmos utilizando a linguagem Python.

Tópicos em Bioinformática II - Introdução à Linguagem Perl para Bioinformática
Prof: Raphael Tavares da Silva

Obs: Pré-requisito: ter cursado a disciplina de Algoritmos e Lógica de Programação. Alunos que ainda não tenham cursado esta disciplina também podem se inscrever. Porém, devem entrar em contato com o professor responsável para comprovar a proficiência no
BIQ 856 - 02
02/30
OP
M/D
07/11, 9/11, 14/11, 16/11, 21/11, 23/11, 28/11 e 30/11 Horário: 13:30h - 17:30h
Local: Laboratório de Informática (M1)

Ementa: Conteúdo: Manipulação de variáveis do tipo string e array, operadores, funções pré-definidas da linguagem Perl, expressões regulares e manipulação de arquivos Objetivo: O aluno terá acesso ao conteúdo básico da Linguagem Perl para resolver problemas inerentes à Bioinformática. De acordo com o andamento da turma, tópicos avançados da Linguagem Perl também poderão ser abordados.

Tópicos em Bioinformática II - Introdução a desenvolvimento web para divulgação científica
Prof: Tetsu Sakamoto

Obs: Requisitos: recomenda-se que o aluno tenha uma noção básica de programação.
BIQ 856 - 03
02/30
OP
M/D
Ter: 08:30 às 10:00
Sex: 08:30 às 10:00

12 de setembro a 31 de outubro
Laboratório de Informática do ICB

Ementa: 1. Introducao a web. (4 horas) „h Historico; „h Termos e conceitos; „h Browser, web sites, web server; „h Cloud computing; 2. Desenvolvimento Front-End. (14 horas) „h Ferramentas utilizadas para desenvolvimento de paginas da web; „h Nocoes basicas de: o HTML; o CSS; o JavaScript „h Requisicoes em outras paginas da web (AJAX); „h Repositorios (SourceForge e Github); „h Banco de dados na nuvem (Firebase); 3. Desenvolvimento Back-end. (8 horas) „h Configurando o servidor (APACHE, MySQL); „h Construindo scripts em back-end; o CGI; o REST; „h Sistema de fila; „h Seguranca na web; Metodologia de ensino: A disciplina sera ministrada utilizando a metodologia ativa, buscando a conciliacao dos conteudos teoricos com a pratica. Para isso, as aulas serao ministradas no laboratorio de informatica do ICB, que possui recursos didaticos para ministrar aulas expositivas dialogadas (projetor, quadro) e recursos computacionais para cada aluno, permitindo a ele aplicar os conceitos transmitidos na teoria e desenvolver solucoes para os problemas que serao expostos ao longo da aula. Criterios de avaliacao: O aluno sera avaliado considerando os seguintes criterios: a. Participacao em sala de aula (14 pontos); b. Confeccao de exercicios de avaliacao proposto (46 pontos); c. Confeccao de trabalhos de desenvolvimento web (40 pontos). Bibliografia basica: FREEMAN, Eric, ROBSON, Elisabeth. Head First JavaScript Programming. O'Reilly Media, 2014, 704 p. ROBSON, Elisabeth, FREEMAN, Eric. Head First HTML and CSS, 2nd Edition. O'Reilly Media, 2012, 768 p. Bibliografia complementar: GUNDAVARAM, Shishir. CGI programming on the World Wide Web. 1st ed. Bonn; Cambridge: O'Reilly & Associates, 1996. xiv, 433 p. HORTON, Sarah,. Access by design: a guide to universal usability for Web designers. Berkeley, Calif.: New Riders, c2006. 264 p. COLLISON, Simon. Desenvolvendo CSS na web: do iniciante ao profissional . Rio de Janeiro: Alta Books, 2008. xxvi, 334 p. MACDONALD, Matthew. Creating a web site: the missing manual . 2nd ed. Beijing; Sebastopol, Calif.: Pogue Press/O'Reilly, c2009. xvi, 587 p. OLIVIERO, Carlos A. J. Faca um site : JavaScript orientado por projeto : scripts baseados em objeto. 6. ed. Sao Paulo: Erica, 2007 265 p. TAURION, Cezar. Cloud computing: computacao em nuvem : transformando o mundo da tecnologia da informacao. Rio de Janeiro: Brasport, 2009. 204 p.

Tópicos em Bioinformática II - Montagem de Genomas
Prof: Thiago Mafra Batista

Obs: Requisitos: experiência com GNU/Linux (instalação e execução de programas em linha de comando), conta no cluster Sagarana. É desejável que o estudante tenha um laptop para as aulas.
BIQ 856 - 04
02/30
OP
M/D
Ter: 10:00 às 12:00

Início 0 7 de novembro e término previsto para 12 de dezembro.
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: Disciplina: Tópicos especiais - Montagem de Genomas a partir de dados NGS 2G Professor: Thiago Mafra Batista (thiagomafra@gmail.com) Ementa: bibliotecas de sequenciamento e NGS (454, Illumina, IonTorrent); pré-processamento dos dados; montagem de genomas; algoritmos de montagem; montando diferentes genomas (plasmidial, mitocondrial, genomas <100 Mb, genomas >100 Mb), gerando contigs, scaffolds e fechando gaps; métricas estruturais e biológicas para avaliação de montagens de genomas. Carga horária: 30 horas – 2 créditos. Requisitos: experiência com GNU/Linux (instalação e execução de programas em linha de comando), conta no cluster Sagarana. É desejável que o estudante tenha um laptop para as aulas. Data, horário e local: início dia 07 de novembro de 2017, término dia 12 de dezembro de 2017. Objetivo: Fornecer aos alunos conhecimento teórico e prático sobre montagem de genomas. Conteúdo programático: 1. Módulo teórico – NGS e montagem de genomas • Tecnologias de sequenciamento de DNA de segunda geração; • Diferentes tipos de bibliotecas e sequenciamento (single-end, paired-end e mate-pair); • Conceito de montagem de genomas; • Algoritmos de montagem de genomas (Overlap Layout Consensus e De-Brujin Graph); • Métricas para avaliação da montagem (estruturais e biológicas). 2. Módulo prático – montando genomas • Aquisição de dados públicos de WGS no SRA; • Pré-processamento dos dados (avaliação e filtro de qualidade, retirada de adaptadores); • Calculando o melhor valor de k-mer; • Gerando contigs e scaffolds; • Fechando gaps; • Utilizando dados de RNA-Seq para montar genomas; • Avaliando as montagens. Metodologia de ensino: A disciplina será ministrada de forma teórico-prática com aulas expositivas na sala 254 do bloco F2 no ICB, e serão realizadas atividades práticas remotamente no cluster Sagarana, onde os alunos realizarão montagens de diferentes genomas (à sua escolha) a partir de dados públicos disponíveis no banco de dados SRA do NCBI. Teremos encontros semanais onde discutiremos os resultados e os diferentes pipelines. A partir da vivência e experiência dos alunos com a disciplina, será criado um manual de montagem de genomas que será disponibilizado publicamente. Critérios de avaliação: O aluno será avaliado considerando os seguintes critérios: a. Participação em sala de aula (20 pontos); b. Execução das atividades práticas (40 pontos); c. Confecção do manual de montagem de genomas (40 pontos). Bibliografia básica: • Ekblom, R., & Wolf, J. B. W. (2014). A field guide to whole-genome sequencing, assembly and annotation. Evolutionary Applications, 7(9), 1026–1042. http://doi.org/10.1111/eva.12178 • Jang-il Sohn, Jin-Wu Nam; The present and future of de novo whole-genome assembly, Briefings in Bioinformatics, , bbw096, https://doi.org/10.1093/bib/bbw096 • Niranjan Nagarajan and Mihai Pop; Sequence assembly demystified. Review Nature Genetics. Volume 14, March 2013. doi:10.1038/nrg3367 • Miller, J. R., Koren, S., & Sutton, G. (2010). Assembly Algorithms for Next-Generation Sequencing Data. Genomics, 95(6), 315–327. http://doi.org/10.1016/j.ygeno.2010.03.001

Tópicos em Bioinformática III - Redes Complexas
Prof: Aristóteles Góes Neto

Obs: Aula Teórica : I 3 SALA 236(18 E 19/10/2017) Aula Prática Laboratório de informática do ICB de14:00 às 17:00
BIQ 857 - 01
03/45
OP
M/D
16 a 20/10/2017 Horário de 09:00 Às 17:00 (intervalo para almoço)
---

Ementa: - Histórico. Exemplos de redes reais nas áreas de Ciências Biológicas, Exatas e Sociais. Termos e Conceitos. Estrutura de redes: Topologia, princípios matemáticos (teoria de grafos) e métricas. Modelos Teóricos de Redes Complexas (aleatória, mundo pequeno, livre de escala ou ligação preferencial). Dinâmica de redes (perturbações e resiliência). Referências: Livros: Network Science, by Albert-Laszlo Barabasi, (Cambridge University Press, 2016) - licença livre pela Creative Commons (online). Networks: An Introduction, by M. E. J. Newman, Oxford University Press, 2010. Artigos de revisão: The Structure and Function of Complex Networks, by M. E. J. Newman, SIAM Review 45 (2), 167-256, 2003. Programas: Análise de redes: NetworkX (python) http://networkx.lanl.gov/ Visualização de redes Gephi, Open source graph visualization GUI

Tópicos em Bioinformática III - Princípios de Biotecnologia
Prof: Aristóteles Góes Neto, Vasco Ariston de Carvalho Azevedo

Obs: 18/08 Bloco J2 Sala 223 de 09:00 às 12:00 Bloco J3 sala 171 de 14:00 às 17:00 21/08 Bloco B2 sala 162 de 09:00 às 12:00 e Bloco J3 Sala 251 de 14:00 às 17:00 22/08 Bloco F2 sala 254 de 09:00 às12:00 Bloco J3 sala251
BIQ 857 - 02
03/45
OP
M/D
16 a 24 de agosto de 2017 horário 09:00 às 12:00 e de 14:00 às 17:00
16/08 - Bloco B2 sala 162 09:0 às 12:00

Ementa: Biotecnologia: conceito, histórico e interdisciplinaridade. Processos biotecnológicos. Organismos utilizados. Biotecnologia aplicada a Agropecuária, Indústria, Saúde e Meio Ambiente. Agências regulatórias e marcos legais. Empresas, Incubadoras e parques tecnológicos de Biotecnologia no Brasil. Biotechnology: An Introduction 1st (first) Edition. M. Pele, C. Cimpeanu WIT Press. 2012. A Indústria de Biociências Nacional: Caminhos para o Crescimento" (2011). Biominas Brasil e PricewaterhouseCoopers (PwC).

Tópicos em Bioinformática III - METAGENÔMICA
Prof: Aristóteles Góes Neto

Obs: No dia 30/11: de 09:00 às 12:00 F2 SALA 254 e de 14:às 17:00 J2 SALA 222 . No dia 1/12/2017 de 09:00 às 12:00 CAD sala210 e de 14:00 às 17:00 CAD 208. Obs: conforme solicitado o aluno deverá levar seu notebook
BIQ 857 - 03
03/45
OP
M/D
Seg: 09:00 às 17:00 (F2 Sl 254)
Ter: 09:00 às 17:00 (D3 SL 171)
Qua: 09:00 às 17:00 (F2 SL 254)
Qui: 09:00 às 12:00 (F2 SL 254)
Sex: 09:00 às 12:00 (CAD 210)

27/11/2017 a 01/12/2017
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Ementa: Diversidade biológica e micro-organismos não-cultiváveis. O desenvolvimento de métodos moleculares para o estudo de micro-organismos não-cultiváveis. A aplicação da Genômica para o estudo de comunidades de micro-organismos: o surgimento da Metagenômica. O advento do sequenciamento de nova geração (NGS) e o seu impacto no desenvolvimento da Metagenômica. Abordagens em Metagenômica: global/aleatória (shotgun) e específica/direcionada (baseada em amplificação de segmentos-alvo). Métodos experimentais para: (i) extração e purificação de DNA comunitário de distintos substratos (ii) amplificação de segmentos-alvo (somente na abordagem específica) e (iii) sequenciamento massivamente paralelo (principais plataformas). Análise bioinformática dos dados gerados a partir de estudos em Metagenômica: (a) pré-processamento, (b) análise estrutural e (c) análise funcional de comunidades de micro-organismos. Projetos em Metagenômica: definição dos objetivos e delineamento amostral, trabalhos de campo, de laboratório e de bioinformática. Análise ecológica dos dados. Estudos de caso em: (i) diferentes substratos/compartimentos ambientais e (ii) foco em diferentes grupos de organismos (Bacteria, Archaea, Vírus, Fungos). Aplicações Biotecnológicas de estudos de Metagenômica. Referências: Livros: Izard, J; Rivera, M. 2015. Metagenomics for Microbiology. Elsevier. DeLong (ed.) 2013. Microbial Metagenomics, Metatranscriptomics, and Metaproteomics, Volume 531 (Methods in Enzymology). Academic Press. Choffnes, E.R.; Olsen, L.; Wizemann, T. 2013. The Sciences and Applications of Microbial Genomics. The USA National Academy Press. Marco, D. (ed.). 2011. Metagenomics: Current Innovations and Future Trends. Caister Academic Press. Marco, D. (ed.). 2010. Metagenomics: Theory, Methods and Applications. Caister Academic Press. Artigos: Selecionados a partir de Revistas Científicas Especializadas. Justificativa: Vêm sendo continuamente oferecida sob a alcunha de Tópicos em Bioinformática. Sugerimos, portanto, que a respectiva disciplina seja doravante oferecida como optativas e passem a integrar a grade curricular do curso.

Tópicos em Bioinformática IV - Tópicos contemporâneos em biologia molecular e biotecnologia
Prof: José Miguel Ortega, Swiany Silveira Lima

Obs: Pré-requisito: Introdução à bioquímica e biologia molecular
BIQ871 - 01
04/60
OP
M/D
Seg: 10:00 às 12:30

Data de Início: 14/08/17 Data de Término: 20/11/17
CAD 1 Sala 412

Ementa: artigos de revisão e originais sobre diversos tópicos em biologia molecular e biotecnologia serão discutidos no formato de seminários, propiciando um ambiente rico para atualização em diversos temas contemporâneos

Tópicos em Bioinformática IV - Algoritmos em Bioinformática
Prof: Alan Mitchell Durham

Obs: (videoconferência) Esta disciplina são 120 horas (8 créditos) a matrícula deverá ser realizada na disciplina 871-02 e 871-03
BIQ871 - 02
04/60
OP
M/D
Qua: 08:00 às 10:00
Sex: 10:00 às 12:00

Início 09/08/2017 e término 24/11/2017.
Auditótio da Bioinformática F2/254

Ementa: Conteúdo variável para cada turma

Tópicos em Bioinformática IV - Algoritmos em Bioinformática (complemento da disciplina BIQ871-02)
Prof: Alan Mitchell Durham

Obs: (videoconferência) Esta disciplina são 120 horas (8 créditos) a matrícula deverá ser realizada na disciplina 871-02 e 871-03
BIQ871 - 03
04/60
OP
M/D
Qua: 08:00 às 10:00
Sex: 10:00 às 12:00

Início 09/08/2017 e término 24/11/2017.
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: Objetivo: Fornecer uma visão geral das principais técnicas e algoritmos utilizados para o estudo de genômica em Bionformática. Justificativa: O dia a dia do bioinformata na genômica envolve o uso de uma grande gama de diferentes softwares para tarefas como busca em banco de dados, alinhamento de sequências, caracterização de famílias de proteínas, busca estrutural de RNAs, predição de estrutura secundária de RNA, alinhamentos múltiplos, construção de filogenia, e montagem de sequências. Nestes processos utilizam aplicativos como BLAST, SIM4, Exonerate, HMMER, Infernal, CLUSTAL, TCOFEE entre outros. Uma compreensão dos algoritmos utilizados por estes aplicativos é essencial para entender os limites, as simplificações os pontos fortes das diversas abordagens. Conteúdo: Alinhamento de pares sequências Avaliação de alinhamentos (significado biológico dos alinhamentos, matrizes de substituição, evalues), Algoritmos de alinhamento (alinhamento local, global e semiglobal, alinhamento com modelos mais complexos) Alinhamento de mRNAs contra sequências genômicas, Sim4, Exonerate. Cadeias de Markov e Modelos ocultos de Markov Cadeias de Markov Modelos Ocultos de Markov (HMM) Estimação de Parâmetros para HMMs Modelos markovianos mais complexos, predição de genes Alinhamento local e global de pares de sequencia utilizando HMMs ProfileHMMs para caracterização de famílias de sequências. HMMER e PFAM Alinhamento de genomas, MUMMER; Alinhamentos múltiplos Programação dinâmica multidimensional Avaliação de alinhamentos múltiplos por soma de pares Métodos de alinhamento progressivo Alinhamento múltiplo com profile HMMs Uso de alinhamentos múltiplos para construir filogenias moleculares Análise de RNAs Predição de estrutura secundária Modelos de Covariâcia RFAM e Infernal HMMs sensíveis ao contexto Busca de motivos em sequências Gramáticas Hierarquia de Chomski Gramáticas Regulares e seu uso no PROSITE Gramáticas Livres de Contexto e caracterização de estruturas de RNA Gramáticas probabilísticas

Tópicos em Bioinformática IV - Configuração de servidores linux e introdução a linguagens compiladas
Prof: Gerald Weber

Obs: Pré-requisito: dispor de laptop no qual possa ser instalado OpenSuse Leap 42.2, seja via dual boot, ou como sistema principal, pen-drive ou virtualbox.
BIQ871 - 04
04/60
OP
M/D
Ter: 17:00 às 18:40
Qui: 17:00 às 18:40

Início das aulas 01/08/2017
ICEx sala 3097

Ementa: Tipo: apresentações teóricas seguido de atividades práticas nos equipamentos dos estudantes ou nos servidores do Grupo de Física Estatística Avaliação: trabalhos práticos, seminários Número máximo de participantes: 15 das quais pede-se para reservar 5 vagas para estudantes da bioinformática. 1. Revisão das principais distribuições linux 1. Red Hat, Debian, Suse, Ubuntu, CentOS, Scientific Linux 2. Apresentação do sistema OpenSuse 2. Ambiente Bash, bash script 1. comandos básicos 2. elementos de scripts, passagem de argumentos 3. execução de scripts e binários, background 4. Arquivos especiais, pipes, redirecionamento 5. diff, sort, 3. Sistema de arquivos linux 1. Particionamento, montagem de partições 2. Montagem de discos, partições virtuais 3. Diagnóstico e reparo de discos, Sistema smartctl 4. Documentação 4. Arquitetura básica do linux 1. boot, grub 2. estrutura de /proc 3. kernel, módulos, compilação, diagnóstico 4. X11, Gnome, KDE 5. diagnóstico do sistema, boot log, 5. Expressões regulares 1. Montagem de patterns básicos, Posix básico e estendido 2. Programas, editores e linguagens que usam expressões regulares 3. exercícios com grep 6. Instalação de softwares, 1. Diferença entre os sistemas de pacotes Debian (.deb) e Red Hat (.rpm) 2. sistemas de instalação apt-get, zypper, yum 3. instalação softwares via pacotes source 4. montagem de pacotes rpmbuild, sistema OpenSuse Build 7. Configuração e uso de sistemas de rede 1. ssh, uso de chaves de encriptação, tunelamento 2. rsync 3. firewall, iptables 4. análise de rede, uso de ethereal 8. Uso de sistema IPMI de servidor 1. configuração e uso 9. Linguagens de programação compiláveis, lidar com binários executáveis 1. Revisão das várias linguagens de programação 2. Estrutura de dados 3. Programação orientada a opjetos 4. Programação genérica 5. Conceitos básicos de compilação, documentação 6. Compilação híbrida, cross-compiling 7. Link-edição, bibliotecas, técnicas 8. Otimização, técnicas e cuidados 9. Debug, ulimit, core dump 10. Profiling 10. Sistemas de controle de versões, CVS, SVN, github 11. Sistema de filas SLURM Bibliografia disponível na UFMG Fundamentos de sistemas operacionais : princípios básicos / Abraham Silberschatz, Peter Baer Galvin, Greg Gagne ; tradução: Aldir José Coelho Corrêa da Silva.Rio de Janeiro : LTC, 2013. 004.451 S582f.Ps 2013 (ENG) LPI Linux certification in a nutshell / Adam Haeder ... [et al.]. Beijing; Cambridge: O'Reilly, c2010. 681.3.06 L925 3. ed. Colégio Técnico Certificação LPI-1 / Luciano Antonio Siqueira. São Paulo : Linux New Media do Brasil Editora, 2009. 519.6*34 S618c 3.ed. Instituto de Ciências Exatas Servidores Linux : guia prático / Carlos E. Morimoto Porto Alegre : Sul Editores, c2008.681.3.06 M857s Colégio Técnico Linux system programming / Robert Love. Beijing; Cambridge: O'Reilly, c2007.681.3.06 L897l Colégio Técnico Redes de computadores : uma abordagem de sistemas / Larry L. Peterson, Bruce S. Davie; tradução Daniel Vieira, revisão técnica Marcos Simplicio.Rio de Janeiro : Elsevier, 2013. 519.6*22 P485c.Pv 5.ed. Instituto de Ciências Exatas Redes de computadores / Andrew S. Tanenbaum and David Wetherall; tradução Daniel Vieira; revisão técnica Prof. Dr. Isaias Vieira.São Paulo : Pearson, 2011.519.6*22 T164c.Pv 5.ed. Instituto de Ciências Exatas Conceitos de linguagens de programação/ Robert W. Sebesta ; tradução técnica de Eduardo Kessler Piveta. -Porto Alegre : Bookman, 2011.519.6*33 S443c.Pp 9.ed. Instituto de Ciências Exatas Modern programming languages : a practical introduction / Adam Brooks Webber. Sherwood, OR : Franklin, Beedle & Associates, c2011.519.6*33 W371m 2. ed. Instituto de Ciências Exatas Absolute C++ / Walter Savitch ; contributor, Kenrick Mock. Boston : Addison-Wesley, c2010. 519.6*33 S267a 4.ed. Instituto de Ciências Exatas Recursos online The Linux Documentation Project Wiki, http://wiki.tldp.org/ Smartmontools Documentation, https://www.smartmontools.org/wiki/TocDoc LinuxDocs.org - documentation for Linux enthusiasts, http://linuxdocs.org/ Portal:Documentation OpenSUSE, https://en.opensuse.org/Portal:Documentation GCC online documentation, https://gcc.gnu.org/onlinedocs/ GNU Scientific Library – Reference Manual, https://www.gnu.org/software/gsl/manual/html_node/ Virtualbox, https://www.virtualbox.org/wiki/Documentation Slurm workload manager, https://slurm.schedmd.com/documentation.html

Treinamento Didático I
Prof: ---
ICB833 - 01
03/45
OP
M/D
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Ementa: Participação do estudante no ensino prático e teórico da Bioinformática, visando a aquisição de experiência para o exercício de suas atividades didáticas, sob orientação de professor tutor designado em comum acordo com o docente coordenador da disciplina

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