Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática - UFMG - Contato
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Oferta do semestre atual

2º semestre de 2017

Disciplina/Prof(s)
Código/
Turma
CR/CH
Nat/
Nível
Horário e
Período
Local/sala
Algoritmos para Bioinformática II
Prof: Marcos Augusto dos Santos
DCC 907 - 01
04/60
OP
M/D
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Ementa: Algorítmos para manipulação de cadeias, sequências e árvores com aplicações em Biologia Molecular. Aplicações da Teoria dos Grafos e Otimização. Ferramentas para bioinformática Bibliografia Setúbal, J., Meidanis, J. INTRODUCTION TO COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY, PWS Publishing Co., 1977 Gusfield, D., ALGORITHMS ON STRINGS, TREES AND SEQUENCES: COMPUTER SCIENCE AND COMPUTATIONAL BIOLOGY

Ambientes de Computação
Prof: Raquel Cardoso de Melo Minardi
DCC 909 - 01
04/60
OP
M/D
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Ementa: Introdução à computação. Ambientes de programação. Redes de Computadores. Banco de dados. Ambientes unix. Ambientes de alto desempenho. Bibliografia Variável inculindo textos e artigos abordando o tema computação e programação.

Bioinformática Estrutural
Prof: Elio Anthony Cino, Lucas Bleicher, Rafaela Salgado Ferreira

Obs: Pré-requisito: ter cursado na graduação ou pós disciplinas de Bioquímica e Programação.
ICB837 - 01
04/60
OP
M/D
Qua: 10:00 às 11:40
Qui: 08:00 às 09:40

Data de início: 02/08/2017 - Data de Término: 23/11/2017
CAD

Ementa: Estruturas de Proteínas/Enzimas; Noções básicas de cristalografia; Métodos de Validação e extração de dados biológicos a partir de estruturas; Construções e análises de modelos cristalográficos a partir de mapas de densidade eletrônico; Base de dados biológicas; Representações gráficas de proteínas; Campos de força; Docagem e triagem virtual de bases de dados; Métodos para predição de estruturas e dinâmica molecular; Alinhamentos e sobreposição estrutural de proteínas; Análise de Superfície e cavidades em estruturas de proteínas; Cálculo de contatos; e Modelagem e análise de grafos em estruturas proteicas.

Estudos de Genoma, Trasncriptoma e Proteoma
Prof: Glória Regina Franco
ICB838 - 01
04/60
OB
M/D
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Ementa: Estudos do genoma: a estrutura dos genomas eucariotos e procariotos, os polimorfismos de DNA e métodos para sua detecção, a produção de marcadores físicos e genéticos, sequenciamento de genomas inteiros, a análise de genomas completos utilizando ferramentas de bioinformática, comparação de genomas, metagenômica, filogenia, origem das doenças genéticas e testes genéticos, terapia genética, desrupção e super-expressão gênica. Estudos do transcriptoma: o controle transcricional e pós transcricional da expressão gênica, construção de bibliotecas de cDNA, o estudo do transcriptoma por RNA-Seq, metodologias de detecção de transcritos, estudo da expressão diferencial de transcritos, a bioinformática no estudo do transcritoma e anotação gênica, os RNAs não codificadores, RNA interferência. Estudos do proteoma: o controle traducional e pós-traducional da expressão gênica, obtenção de mapas pepetídicos, metodologias de sequenciamento de proteínas, comparação do proteoma de células e a expressão diferencial de proteínas, redes de interação proteína-proteína, biologia sintética e biologia de sistemas. Bibliografia: Biologia Molecular Básica, Zaha A et al., 5ª Edição, Editora Artmed, Biologia Molecular do Gene, Watson JD et al., 7ª Edição, Editora Artmed e Artigos de revisão atuais publicados em periódicos como Nature, Science, Trends e outros

Probabilidade e Estatística para Bioinformática
Prof: Glaura da Conceição Franco
EST 869 - 01
04/60
OB
M/D
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Ementa: O papel da Estatística nas áreas médica e biológica; Estatística descritiva e análise exploratória de dados; Introdução à probabilidade e sua aplicação na qualidade de testes diagnósticos; Modelos probabilísticos. Modelo binomial e modelo normal; Construção de faixas de referência; Noções básicas sobre inferência estatística: teste de hipóteses e intervalo de confiança; Comparação de dois grupos: inferência sobre duas médias e sobre duas proporções; Análise de variância; Estudo de associação de duas variáveis categóricas; Estudo de associação de duas variáveis quantitativas; Aplicações de regressão logística e de Cox. Bibliografia Campbell, M. J., Machin, D. (1993) Medical Statistics - A Commonsense Approach. 2 ed. New York: John Wiley. Glantz, S. A. (1992) Primer of Biostatistics. 3 ed. New York: Mcgraw-Hill. Hassard, T. H. (1991) Understanding Biostatistics. St.Louis: Mosby Yeas Book. Nogueira, M. L. G., Nunes, L. L. C., Pinto, D., Ribeiro, A. J. F., Silva, C. Q., Siqueira, A. L. (1995) Introdução à Bioestatística. Belo Horizonte: Departamento de Estatística/ UFMG. Soares, J. F., Siqueira, A. L. (2001) Introdução à Estatística Médica. Editora UFMG

Seminários em Bioinformática I
Prof: José Miguel Ortega
BIQ 858 - 01
01/15
OB
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

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Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários ministrados por alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, sobre pesquisas na área da Bioinformática.

Seminários em Bioinformática II
Prof: José Miguel Ortega
DCC 908 - 01
01/15
OB
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

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Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários ministrados por alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, sobre pesquisas na área da Bioinformática.

Seminários em Bioinformática III
Prof: José Miguel Ortega
ICB831 - 01
01/15
OP
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

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Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários de alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, na área de Bioinformática.

Seminários em Bioinformática IV
Prof: José Miguel Ortega
ICB832 - 01
01/15
OP
M/D
Sex: 14:00 às 15:00

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Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: - Apresentação de seminários ministrados por alunos de Mestrado e Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, de docentes da UFMG e convidados nacionais e internacionais, sobre pesquisas na área da Bioinformática.

Tópicos em Bioinformática I - Estudo computacional de mutações: de doenças hereditárias à resistência a fármacos
Prof: Douglas Eduardo Valente Pires
BIQ 855 - 01
01/15
OP
M/D
Seg: 08:00 às 11:00
Ter: 08:00 às 11:00
Qua: 08:00 às 11:00
Qui: 08:00 às 11:00
Sex: 08:00 às 11:00

Data de início: 04/09/17 Data de Término: 08/09/17
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Ementa: A disciplina terá por objetivos apresentar e discutir as principais abordagens atuais no estudo de mutações não-sinônimas em proteínas, com foco em metodologias computacionais (tanto baseadas em sequências quanto em estruturas), bem como seus diversos cenários de aplicação. Estre esses, contemplaremos desde o estudo de doenças hereditárias (doenças raras como a Alcaptonúria e a Síndrome de von Hippel-Lindau), mutações em câncer, surgimento de resistência a medicamentos, até sua utilização em aplicações de potencial biotecnológico envolvendo engenharia proteica. A disciplina também terá um caráter prático e os alunos serão incentivados a desenvolverem projetos ao longo do semestre envolvendo a utilização das principais ferramentas disponíveis na literatura, bem como apresentarem artigos relacionados ao tema em formato de seminário.

Tópicos em Bioinformática II - Introdução a programação em Python
Prof: Carlos Alberto Xavier Gonçalves
BIQ 856 - 01
02/30
OP
M/D
Qua: 10:00 às 11:40

Data de Início: 02/08/20107 Data de témino: 08/11/2017
Sala de Informática do ICB

Ementa: Noções básicas de lógica de programação e construção de algoritmos utilizando a linguagem Python.

Tópicos em Bioinformática IV - Tópicos contemporâneos em biologia molecular e biotecnologia
Prof: José Miguel Ortega, Swiany Silveira Lima

Obs: Pré-requisito: Introdução à bioquímica e biologia molecular
BIQ871 - 01
04/60
OP
M/D
Seg: 09:30 às 12:30

Data de Início: 14/08/17 Data de Término: 20/11/17
Auditório da Bioinformática F2/254

Ementa: artigos de revisão e originais sobre diversos tópicos em biologia molecular e biotecnologia serão discutidos no formato de seminários, propiciando um ambiente rico para atualização em diversos temas contemporâneos

Tópicos em Bioinformática IV - Algoritmos em Bioinformática
Prof: Alan Mitchell Durham
BIQ871 - 02
04/60
OP
M/D
Qua: 08:00 às 10:00
Sex: 10:00 às 12:00

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Ementa: Conteúdo variável para cada turma

Tópicos em Bioinformática IV - Algoritmos em Bioinformática (complemento da disciplina BIQ871-02)
Prof: Alan Mitchell Durham
BIQ871 - 03
04/60
OP
M/D
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Ementa: Objetivo: Fornecer uma visão geral das principais técnicas e algoritmos utilizados para o estudo de genômica em Bionformática. Justificativa: O dia a dia do bioinformata na genômica envolve o uso de uma grande gama de diferentes softwares para tarefas como busca em banco de dados, alinhamento de sequências, caracterização de famílias de proteínas, busca estrutural de RNAs, predição de estrutura secundária de RNA, alinhamentos múltiplos, construção de filogenia, e montagem de sequências. Nestes processos utilizam aplicativos como BLAST, SIM4, Exonerate, HMMER, Infernal, CLUSTAL, TCOFEE entre outros. Uma compreensão dos algoritmos utilizados por estes aplicativos é essencial para entender os limites, as simplificações os pontos fortes das diversas abordagens. Conteúdo: Alinhamento de pares sequências Avaliação de alinhamentos (significado biológico dos alinhamentos, matrizes de substituição, evalues), Algoritmos de alinhamento (alinhamento local, global e semiglobal, alinhamento com modelos mais complexos) Alinhamento de mRNAs contra sequências genômicas, Sim4, Exonerate. Cadeias de Markov e Modelos ocultos de Markov Cadeias de Markov Modelos Ocultos de Markov (HMM) Estimação de Parâmetros para HMMs Modelos markovianos mais complexos, predição de genes Alinhamento local e global de pares de sequencia utilizando HMMs ProfileHMMs para caracterização de famílias de sequências. HMMER e PFAM Alinhamento de genomas, MUMMER; Alinhamentos múltiplos Programação dinâmica multidimensional Avaliação de alinhamentos múltiplos por soma de pares Métodos de alinhamento progressivo Alinhamento múltiplo com profile HMMs Uso de alinhamentos múltiplos para construir filogenias moleculares Análise de RNAs Predição de estrutura secundária Modelos de Covariâcia RFAM e Infernal HMMs sensíveis ao contexto Busca de motivos em sequências Gramáticas Hierarquia de Chomski Gramáticas Regulares e seu uso no PROSITE Gramáticas Livres de Contexto e caracterização de estruturas de RNA Gramáticas probabilísticas

Tópicos Especiais em Ciência da Computação - Configuração de servidores linux e introdução a linguagens compiladas
Prof: Gerald Weber

Obs: Pré-requisito: dispor de laptop no qual possa ser instalado OpenSuse Leap 42.2, seja via dual boot, ou como sistema principal, pen-drive ou virtualbox.
DCC852 - 01
04/60
OP
M/D
Ter: 17:00 às 18:40
Qui: 17:00 às 18:40

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Ementa: Tipo: apresentações teóricas seguido de atividades práticas nos equipamentos dos estudantes ou nos servidores do Grupo de Física Estatística Avaliação: trabalhos práticos, seminários Número máximo de participantes: 15 das quais pede-se para reservar 5 vagas para estudantes da bioinformática. 1. Revisão das principais distribuições linux 1. Red Hat, Debian, Suse, Ubuntu, CentOS, Scientific Linux 2. Apresentação do sistema OpenSuse 2. Ambiente Bash, bash script 1. comandos básicos 2. elementos de scripts, passagem de argumentos 3. execução de scripts e binários, background 4. Arquivos especiais, pipes, redirecionamento 5. diff, sort, 3. Sistema de arquivos linux 1. Particionamento, montagem de partições 2. Montagem de discos, partições virtuais 3. Diagnóstico e reparo de discos, Sistema smartctl 4. Documentação 4. Arquitetura básica do linux 1. boot, grub 2. estrutura de /proc 3. kernel, módulos, compilação, diagnóstico 4. X11, Gnome, KDE 5. diagnóstico do sistema, boot log, 5. Expressões regulares 1. Montagem de patterns básicos, Posix básico e estendido 2. Programas, editores e linguagens que usam expressões regulares 3. exercícios com grep 6. Instalação de softwares, 1. Diferença entre os sistemas de pacotes Debian (.deb) e Red Hat (.rpm) 2. sistemas de instalação apt-get, zypper, yum 3. instalação softwares via pacotes source 4. montagem de pacotes rpmbuild, sistema OpenSuse Build 7. Configuração e uso de sistemas de rede 1. ssh, uso de chaves de encriptação, tunelamento 2. rsync 3. firewall, iptables 4. análise de rede, uso de ethereal 8. Uso de sistema IPMI de servidor 1. configuração e uso 9. Linguagens de programação compiláveis, lidar com binários executáveis 1. Revisão das várias linguagens de programação 2. Estrutura de dados 3. Programação orientada a opjetos 4. Programação genérica 5. Conceitos básicos de compilação, documentação 6. Compilação híbrida, cross-compiling 7. Link-edição, bibliotecas, técnicas 8. Otimização, técnicas e cuidados 9. Debug, ulimit, core dump 10. Profiling 10. Sistemas de controle de versões, CVS, SVN, github 11. Sistema de filas SLURM Bibliografia disponível na UFMG Fundamentos de sistemas operacionais : princípios básicos / Abraham Silberschatz, Peter Baer Galvin, Greg Gagne ; tradução: Aldir José Coelho Corrêa da Silva.Rio de Janeiro : LTC, 2013. 004.451 S582f.Ps 2013 (ENG) LPI Linux certification in a nutshell / Adam Haeder ... [et al.]. Beijing; Cambridge: O'Reilly, c2010. 681.3.06 L925 3. ed. Colégio Técnico Certificação LPI-1 / Luciano Antonio Siqueira. São Paulo : Linux New Media do Brasil Editora, 2009. 519.6*34 S618c 3.ed. Instituto de Ciências Exatas Servidores Linux : guia prático / Carlos E. Morimoto Porto Alegre : Sul Editores, c2008.681.3.06 M857s Colégio Técnico Linux system programming / Robert Love. Beijing; Cambridge: O'Reilly, c2007.681.3.06 L897l Colégio Técnico Redes de computadores : uma abordagem de sistemas / Larry L. Peterson, Bruce S. Davie; tradução Daniel Vieira, revisão técnica Marcos Simplicio.Rio de Janeiro : Elsevier, 2013. 519.6*22 P485c.Pv 5.ed. Instituto de Ciências Exatas Redes de computadores / Andrew S. Tanenbaum and David Wetherall; tradução Daniel Vieira; revisão técnica Prof. Dr. Isaias Vieira.São Paulo : Pearson, 2011.519.6*22 T164c.Pv 5.ed. Instituto de Ciências Exatas Conceitos de linguagens de programação/ Robert W. Sebesta ; tradução técnica de Eduardo Kessler Piveta. -Porto Alegre : Bookman, 2011.519.6*33 S443c.Pp 9.ed. Instituto de Ciências Exatas Modern programming languages : a practical introduction / Adam Brooks Webber. Sherwood, OR : Franklin, Beedle & Associates, c2011.519.6*33 W371m 2. ed. Instituto de Ciências Exatas Absolute C++ / Walter Savitch ; contributor, Kenrick Mock. Boston : Addison-Wesley, c2010. 519.6*33 S267a 4.ed. Instituto de Ciências Exatas Recursos online The Linux Documentation Project Wiki, http://wiki.tldp.org/ Smartmontools Documentation, https://www.smartmontools.org/wiki/TocDoc LinuxDocs.org - documentation for Linux enthusiasts, http://linuxdocs.org/ Portal:Documentation OpenSUSE, https://en.opensuse.org/Portal:Documentation GCC online documentation, https://gcc.gnu.org/onlinedocs/ GNU Scientific Library – Reference Manual, https://www.gnu.org/software/gsl/manual/html_node/ Virtualbox, https://www.virtualbox.org/wiki/Documentation Slurm workload manager, https://slurm.schedmd.com/documentation.html

Treinamento Didático I
Prof: ---
ICB833 - 01
03/45
OP
M/D
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Ementa: Participação do estudante no ensino prático e teórico da Bioinformática, visando a aquisição de experiência para o exercício de suas atividades didáticas, sob orientação de professor tutor designado em comum acordo com o docente coordenador da disciplina

Av. Antonio Carlos, 6627, Belo Horizonte - Minas Gerais, Brasil - 31270-901
Instituto de Ciências Biológicas - ICB - Bloco K4, Sala 163
Telefones: 55 (31) 3409-2554 / Fax: 55 (31) 3409-2614